FAPA werd opgericht op 25 mei 1993. De stichtende leden vertegenwoordigen de 7 universiteiten van ons land en de verschillende medische disciplines die rechtstreeks met polypose te maken hebben. Ondertussen werken ook vele andere, niet-universitaire ziekenhuizen mee aan het nationale register.
De wetenschappelijke vereniging werd opgericht om artsen te helpen bij het informeren van hun polyposepatiënten en hun families over de risico’s, de screeningsmogelijkheden en de behandelingen die mogelijk zijn. De informatie van het register laat clinici, wetenschappers en epidemiologen toe FAP-families beter op te volgen, te begeleiden en te behandelen.
Sinds 1996 zijn er beroepskrachten actief in de organisatie.
In 2012 werd het register uitgebreid naar families met Lynch syndroom (HNPCC = erfelijke non-polyposis colorectale kanker).
Momenteel staat een team van 4 gezondheidszorgmedewerkers in voor de dagelijkse werking van de vereniging.