Aangezien polypose bestaat uit honderden tot duizenden kleine poliepen in de dikke darm is het onmogelijk om ze één voor één te verwijderen. Op dit ogenblik is er slechts één manier om alle poliepen te verwijderen en te voorkomen dat ze in kanker zouden ontaarden, namelijk het operatief verwijderen van de dikke darm.

Bij volwassenen zal de operatie uitgevoerd worden zodra er poliepen aanwezig zijn. Bij jongeren zal men wachten met de operatie tot deze ongeveer 17 of 18 jaar oud zijn.

Ook na de operatie zal endoscopisch onderzoek nodig blijven, voornamelijk van maag en het eerste stuk van de dunne darm (duodenum). Patiënten met FAP hebben immers ook een verhoogde kans op de ontwikkeling van poliepen in het duodenum.