Alle eigenschappen van de mens zijn vastgelegd in een bepaalde code van het genetisch materiaal of het DNA. Om verouderde of beschadigde cellen te vervangen, maakt het lichaam voortdurend nieuwe cellen aan. Dit gebeurt door celdeling: uit één cel ontstaan twee nieuwe, die zich ook weer delen enzovoort. Tijdens de celdeling verdubbelt het DNA zodat de dochtercellen exact hetzelfde DNA bevatten. Bij dit proces ontstaan altijd wel fouten in de DNA-code maar deze foutjes worden hersteld door wat we DNA-herstelgenen noemen (ook wel DNA-mismatch repair genen of MMR-genen genoemd). Bij Lynch syndroom werken deze genen niet meer zoals het hoort. Daardoor worden de fouten in de DNA-code niet goed hersteld en gaan ze zich opstapelen. Dit kan dan leiden tot de ontwikkeling van kanker.
Om de diagnose “Lynch syndroom” in een familie te stellen, kan men in een eerste fase bij een familielid met dikkedarmkanker het DNA van de tumor gaan onderzoeken. Men kijkt dan naar onregelmatigheden in het overschrijven van kleine stukjes DNA (MSI = micro-satelliet instabiliteit) bij de celdeling. Als men dan een opeenstapeling van fouten vindt, dan is de diagnose “Lynch syndroom” heel waarschijnlijk. Men kan aan deze analyse nog het immuun-histochemisch onderzoek (IHC) toevoegen. De herkenning van mismatches gebeurt door de eiwitten die door de MMR-genen geproduceerd worden. Door middel van immunohistochemische kleuring kunnen deze eiwitten aangetoond worden. Wanneer een of meerdere eiwitten niet aankleuren in het tumorweefsel geeft dit een indicatie in welk gen zich vermoedelijk een mutatie bevindt.
De combinatie van MSI en IHC geeft waarschijnlijk het beste antwoord op de vraag of een bepaald DNA-herstelgendefect bij het ontstaan van de tumor is betrokken. In een volgende stap kan dan een bloedonderzoek gebeuren.